تقع كنيسة القديسة مسكنتة في الجنوب الغربي من مدينة الموصل القديمة، في الحي المسيحي المعروف بشمعون الصفاء، والذي يُسمى أيضًا المياسة أو منصورية. تقع الكنيسة على بعد حوالي 400 كم شمال بغداد. تُعد كنيسة القديسة مسكنتة من أقدم الكنائس في الموصل، وتعتبر جزءًا من تاريخ المسيحية العريق في المدينة.
تقع هذه الكنيسة بالقرب من عدد من الكنائس التاريخية الأخرى، مثل كنيسة شمعون الصفاء الكلدانية، وكنيسة مار كوركيس، فضلاً عن كنيستي السريان الكاثوليك والسريان الأرثوذكس باسم مار توما، مما يجعل هذا الحي مركزًا هامًا للكنائس المسيحية في الموصل.
