هو من المرافق التي اختصتها المدرسة لتدر عليها الأموال الكافية لتغطية نفقاتها إلى جانب البساتين و العقارات الأخرى ويقع أمام المدرسة المرجانية.
يعتبر الخان من المأثر المعمارية المهمة في زيارتها فالبناء اقيم على مخطط مستطيل تتوسطه صالة مسقفة تطل عليها الغرف بطابقين وعرف في العهود المتأخرة باسم خان الاورتمة اي الخان المستور او المغطى ذلك ان الخان كان يتميز عن معظم خانات بغداد بأن فناءه اي حوشه الداخلي مغطى بعقود هائلة من الطابوق وقد عقد ما بينها بسقوف معقودة اخرى ومن ثم أتاح هذا للتجار الذين كانوا يرتادونه أو ينزلون فيه الإقامة الطيبة حيث تحفظ بضائعهم.
والخان عبارة عن بهو مسقوف مستطيل الشكل يبلغ طوله 30,25م وعرضه 11.4م ويبلغ ارتفاعه 14م عن ارضيته ويتوسط المخطط بهو واسع تحيط به 22 غرفة تفتح أبوابها عليه يعلوها في الطابق العلوي 23 غرفة بزيادة غرفة واحدة فوق المدخل.
